L'histoire se déroule dix ans après la fin de Dragon Ball Z. Son Goku termine l'entraînement de Oob dans le palais du Tout-Puissant. Suite à un vœu raté de Pilaf, il redevient un enfant. Ce vœu a altéré les Dragon Balls qui se dispersent dans l'espace. Son Goku a un an pour les réunir. Si il n'y parvient pas, la Terre se désintègrera. Il part avec Trunks et Pan à la recherche des boules de cristal éparpillées dans toute la galaxie.